Asal mula terbentuknya Desa Tlogo pada tahun 1810 beberapa penduduk mulai bermukim di suatu wilayah yang sangat dekat sebuah telaga. Pada saat itu, masyarakat menyebut telaga itu dengan sebutan Telaga Menjer. Lokasi permukiman yang jaraknya sangat dekat dengan telaga sehingga kawasan itu dinamai Desa Tlogo. Arti kata "Tlogo" adalah sebutan untuk kata telaga dalam Bahasa Jawa.
Pemberian nama Desa Tlogo diberikan oleh seorang ulama atau wali yang bernama Mbah Wali Nur Iman. Setelah meninggal dunia, Mbah Wali Nur Iman dimakamkan di pemakaman umum Desa Tlogo dan menjadi destinasi wisata religi khususnnya di Wilayah Wonosobo. Hingga saat ini Telaga Menjer masih memiliki banyak mitos yang belum diketahui kebenarannya dan sulit untuk dikupas, selain itu di Desa Tlogo juga masih banyak tempat keramat.
Masa kepemimpinan pemerintahan Desa Tlogo sejak tahun 1810 – 1907 belum dapat diketahui kepemimpinannya dan mulai tahun 1907 hingga sekarang kepemimpinan pemerintahan Desa Tlogo adalah sebagai berikut:
- Kades I RESO DIMEJO (Tahun 1907 - 1941)
- Kades II DULLAH SAJAD (Tahun 1941 – 1974)
- Kades III SUKIRNO (Tahun 1974 – 1990)
- Kades IV HERU SUMANTRI (Tahun 1990 – 2003)
- Pj Kades KASIR SUWARDI (Tahun 2003 – 2006)
- Kades V SUJANTO (Tahun 2006 – 2012)
- Kades VI TULUS (Tahun 2012 – Sekarang)